פירש רש"י ויספת לך עוד שלש הרי תשע ג' שבעבר הירדן וג' שבארץ כנען וג' לעתיד לבא עכ"ל ויש לדקדק דלעת"ל לא ישא גוי אל גוי חרב וכו' ולמה לי ערי מקלט ולא זו דאיכא ערי מקלט אלא לא יספיקו ששה וצריך להוסיף עוד ג'. ועוד הכתוב דמסיים ולא ישפך דם נקי וכו' אינו מתישב דהרי נשפך דם נקי בשוגג וההורג הולך לערי מקלט. והגם דפשטיה דקרא שלא ימית גואל הדם להורג שוגג אינו מתישב כל כך [ועיין מה שכתוב בלקוטי תורה לגורי האר"י זצ"ל (כתב יד)] ושמעתי משם הרב מהר"ר אליהו הכהן זלה"ה בעל שבט מוסר וכו' שפירש כי הנה במשך זה הגלות המר והארוך כמה וכמה שהרגו בשוגג והיו צריכים לגלות בערי מקלט ומעת הוסר התמיד חסרנו כל טוב. והנה חייבי חטאות שבזמן הגלות בבא גואל ויבנה בהמ"ק במהרה בימינו יקריבו קרבנות איש איש לצאת ידי חובתו וכמו שאמר פ"ק דשבת דר' ישמעאל קרא והטה וכתב על פנקסו כשיבנה בית המקדש אקריב חטאת שמנה. הנה כי כן כל חייבי גלות ילכו לערי מקלט לכפרתם. ומשום שיש אלף ושבע מאות והותר שנחרב הבית וכלם צריכי להתקן בכללם החייבים גלות לזה צריך ט' ערי מקלט כי גדלו הרבה החייבים גלות בערי מקלט כשיגיע זמן לשמור כל המצוה כל תרי"ג מצות מזמן החרבן וז"ש. כי תשמור את כל המצוה שהם שיעור קומה רמ"ח כנגד רמ"ח אברי' ושס"ה לאוין כנגד שס"ה גידין והיינו בזמן הבית שיבנה ב"ב לאהבה וכו' וללכת בדרכיו כל הימים אז ויספת עוד ג' ערי מקלט שיהיו ט'. וכי תימא אז אין צורך לערי מקלט שיתוקן העולם ולא יצטרך לזה. לז"א ולא ישפך דם נקי וכו' האמת הוא שאז אינו נשפך דם נקי ואין צורך לערי מקלט משום שיהרגו אז. רק והיה עליך דמים אתה חייב מגלגולים בזמן החרבן דמים שהם חובה עליך שהרגת בשוגג ולא גלית ועתה צריך לתקן ללכת לערי מקלט ומשו"ה אצטריכו ט' ערי מקלט: