בהלכות כלאיים נכללות בעיקר ההלכות הנוגעות לכלאיים שביבולי הארץ, ובזה יש חלוקה בין הלכות כלאי זרעים, במובן הרחב שלהן, ובין כלאי הכרם.

כלאי זרעים כוללים שני איסורים: כלאי זרעים — האיסור לזרוע ירקות וזרעים שונים בערבוביה; וכלאי אילנות — איסור הרכבה של אילנות ממינים שונים. בשל איסור כלאי זרעים קיימת החובה לזרוע מינים שונים באופן שיהיה ניכר שאינם זרועים יחד, ובעניין זה יש פרטים רבים בשיעורים שיש להרחיק בין הזרעים השונים בשדות ובגינות. בנוסף קיימת חובה לעקור מן השדה צמחים ממינים אחרים שצמחו בה. בכלאי אילנות עיקר האיסור איננו בהיותם סמוכים זה לזה אלא בהכלאה של ממש, כלומר, בהרכבת מין במין אחר. ומכיוון שבעצם לא מדובר באיסור הנוגע לעבודת הקרקע, כלאי האילן אסורים מן התורה גם בחוץ לארץ, וזאת בניגוד לאיסור כלאי זרעים שנוהג רק בארץ ישראל.

בדינים אלה יש צורך לקבוע אלו מינים נחשבים למינים שונים לעניין כלאיים, ואלו נחשבים כצורות שונות של מין אחד. למעשה ההבחנה בין מין אחד לחברו איננה פשוטה כל עיקר, ומתחשבים הן בהבדל הבוטני שביניהם והן במראה החיצוני, ולפעמים אפילו בטעם הפרי.

הלכה אחרת השייכת לכלאיים שבצמחים, היא איסור כלאי הכרם. האיסור הזה מצד אחד מצומצם יותר, משום שעיקרו הוא בזריעה או בקיום של מיני זרעים סמוך לגפנים דווקא. מצד שני יש בו חומרה בכך שכלאי הכרם אוסרים בהנאה את הכול: הן את הזרעים והן את הגפנים. ומאחר שבכלאי הכרם יש איסור חמור יותר מבכלאיים אחרים, אסרו חכמים את כלאי הכרם גם בחוץ לארץ.

כיוון שמבחינה עניינית יש גם מיני כלאיים אחרים, הוצמדו ההלכות הקשורות בהם להלכות כלאי זרעים, אף שאינם נוגעים לכלאיים במיני הצומח. האחד מהם הוא האיסור של כלאיים בבעלי חיים, שיש בתוכו שני חלקים שכל אחד מהם נזכר במקרא במפורש. האחד הוא האיסור להכליא בעלי חיים (חיות, עופות, דגים) מין בשאינו מינו, והאיסור האחר הוא להשתמש בשני מינים שונים יחד לצורך עבודה. דינים אלה, כיוון שאינם שייכים בעצם לעבודת הקרקע אלא ליצורים חיים, חלים בעיקרם גם בחוץ לארץ.

הלכה אחרת, שעוסקת בנושא אחר, היא האיסור של כלאי בגדים, המכונה בתורה גם "שעטנז". האיסור מתייחס בעיקרו לצמר ופשתים המחוברים יחד, ובאיסור זה נאסר בעיקר ללבוש בגדי שעטנז, ואין איסור על עשייתם או על מכירתם. בפרטי ההלכה מוזכרים האופנים השונים של חיבור צמר ופשתים: מתי החיבור הזה נחשב חיבור אסור מן התורה, ומתי הוא אסור מדברי סופרים בלבד או משום הרחקה מן האיסור. גם איסור זה חל בין בארץ ובין בחוץ לארץ.