הלכות מקוואות עוסקות בהיטהרות מן הטומאה על ידי טבילה במקווה, ויש בהן התייחסות לא רק לעניין המקוואות עצמם כמקום הטבילה, אלא גם למכלול הדינים הנוגעים לצורת הטבילה ולדברים שעליהם צריך להקפיד בעת הטבילה. מקורם של רוב הדינים הוא במשנה ובתוספתא של מסכת מקוואות.

באופן בסיסי טהרה מטומאה נעשית על ידי טבילה במקווה. אולם, יש טומאות שכדי להיטהר מהן אין די בטבילה בלבד, כגון טומאת מת ומצורע. כמו כן יש כלים שאינם נטהרים בטבילה כלל, כגון כלי חרס, שאין להם טהרה אלא על ידי שבירתם. אף המאכלים שנטמאו אין להם תקנה בטבילה, מלבד מים טמאים שניתן להטבילם במקווה בעודם בכלי, ובכך לטהרם ('השקה').

עיקרון חשוב בכל טבילת טהרה הוא שהאדם יטבול את כל גופו בבת אחת, ולא יהיה איבר כלשהו או אפילו שערה אחת שיישארו מחוץ למים, וכן בכלים שיהיה הכלי כולו מצוי בתוך המים. דין נוסף בטבילה שעיקרו מן התורה אך חכמים הוסיפו בו סייגים לחומרה, הוא שלא תהיה חציצה, דהיינו דבר הדבוק ומפריד בין האדם או הכלי הנטבל למי המקווה. יש פרטים מרובים בהגדרה מה הם בדיוק הדברים הנחשבים כחוצצים ומהו השיעור שבו הם נחשבים כחוצצים. תקנה עתיקה שהובאה בהלכות אלו מתייחסת לטבילת נשים, והיא שתהיה אישה חופפת את שערותיה ואחר כך טובלת כדי שלא תימצא בהן חציצה כלשהי.

חלק נרחב בהלכות מקוואות עוסק בצורתו של המקווה עצמו. בעיקרו של דבר מקווה הוא, כמשמעה של המילה, מקום בקרקע שנקווים בו מים. שיעורו של מקווה הוא ארבעים סאה, והמים שבו צריכים להיות עומדים ולא זורמים. המים צריכים להגיע אל המקווה כדרכם, בלא שנשאבו בידי אדם, ואפילו כמות לא גדולה של מים שאובים (שלושה לוגים) שנפלה למקווה שאינו שלם, פוסלת אותו. לפיכך יש פרטי דינים רבים כיצד פועלים כדי שהמים יגיעו למקווה בהכשר, וכן דרכים לחבר מים שאובים למקווה קיים שיתבטלו וייחשבו כמים שאינם שאובים. דינים ייחודיים יש למעיין הנובע, שראוי לטהר חפצים קטנים גם כשאין בו ארבעים סאה, ומימיו מטהרים אף כשהם זורמים ('זוחלים').

בתוך ההלכות מופיעה חלוקה בין סוגים שונים של מקווי מים, לגבי האפשרות להשתמש בהם לצרכים שונים של טהרה והיטהרות להרבה דינים בהלכה. החלוקה קשורה למקורות המים — אם מדובר במים שאובים, מי גשמים או במים הנובעים מן הארץ; למצבם — אם הם זורמים או עומדים; ולאיכותם — אם הם ראויים לשתייה או לא. בין שאר המקרים המוגדרים בהלכות אלו, מוזכר במיוחד דינו של הים, הראוי בוודאי לשמש כמקווה ולצדדים מסוימים אף נידון כמעיין.

אגב דיני המקווה מובאות כאן ההלכות הנוגעות לטהרת הידיים, שמקורן במשנה ובתוספתא של מסכת ידיים. מדברי חכמים, טהרת הידיים לתרומה נעשית בנטילה מיוחדת, ולטהרתן לקדשים צריך לטבול את הידיים במקווה. הדינים הכלליים של הלכות נטילת ידיים — כלי הנטילה, דרכי הנטילה ועוד — מבוארים בהלכות ברכות (פרק ו), ואילו כאן נפרטו הדינים המיוחדים לנטילה לתרומה שיש בה תוספת טהרה. דינים אלה חותמים את הלכות מקוואות, ולמעשה משלימים את כל ספר טהרה שעוסק ברובו בדיני הטומאה ובדרכי המעבר לטהרה.