הלכות שאר אבות הטומאות משלימות את פירוט סוגי הטומאה השונים, זאת לאחר שהטומאות שיש בדיניהן אריכות נידונו בקבוצות הלכות נפרדות בספר טהרה. כחלק מהשלמת דיני הטומאה מובאים כאן דינים כלליים שנוגעים לספקות בכל סוגי הטומאות, וכן משובצות מספר פסקאות שנועדו לסידור וסיכום דיני הטומאה. יסודן של הרבה מההלכות כאן במשנה ובתוספתא של מסכת טהרות, אך יש גם הלכות רבות שמקורן במקומות אחרים בסדר טהרות ושאר סדרי הש"ס.

החלק הראשון בהלכות אלו עוסק באבות הטומאה: טומאת נבלת בהמה, טומאת נבלת העוף, טומאת השרץ, טומאת שכבת זרע וכן טומאת עבודה זרה שהיא אב טומאה מדברי חכמים. אין בין הטומאות הללו קשר ענייני וגם דיניהן שונים למדי זה מזה, אך השווה שבהן הוא שכולן מטמאות בדרגת 'אב הטומאה'.

החלק הבא בהלכות אלה דן בטומאות שהן 'ולד הטומאה', כלומר: דברים שטומאתם אינה עצמית, אלא מחמת דברים אחרים: מהם טומאות שנטמאו מאב הטומאה ('ראשון לטומאה'), וכן אלה שנטמאו בדרגה שנייה ושלישית והלאה ('שני', 'שלישי' ו'רביעי לטומאה'). חלק מוולדות אלו כתובים או רמוזים בתורה, וחלקם גזרות ותקנות חכמים. חלק מהגזרות הללו חורג מן הסדר הפשוט והרגיל של הטומאה, כגון טומאת הידיים - שבה רק הידיים טמאות בעוד ששאר גופו של האדם טהור, וכגון טומאת אדם שנפלו עליו מים שאובים - שגזרו בו חכמים טומאה מטעם חיצוני אף על פי שאין כאן חשש למגע בטומאה.

נתון נוסף המשפיע על טומאתם של הדברים, הוא מעלת הקדושה שלהם. בעניין זה יש הדרגה בין מעלת הדברים המשמשים לחולין לאלו של תרומה החמורה ממנה, מעליה מעלת הקדשים, ומעל לכולם מעלת 'טהרת חטאת' הנוגעת למי אפר פרה אדומה. בכל מעבר ממעלה אחת לשנייה גדֵלה הרגישות לטומאה, והדבר בא לידי ביטוי הן במספר דרגות הטומאה המשתלשלות זו מזו (שלישי בתרומה, רביעי בקודש וכו'), הן בכך שככל שמעלת הקדושה גדולה יותר כך היא מקבלת טומאה ביתר קלות והן בהקפדות הנוגעות באופן הטהרה הקיימות בכל מעלה.

שורת הלכות הניכרת לעצמה המשלימה את הנושא הכולל של דיני הטומאה, היא דיני ספקות: מהם הדברים שיש להם חזקת טומאה במקרים של ספק, ובמה אין חוששים לטומאה. את מקרי הספק מכריעים בכמה אופנים: יש ספקות שבהם ההכרעה היא שדנים בהם כוודאי ושורפים את התרומה והקדשים שנטמאו בהם, יש ספקות שבהם תולים - חוששים לטומאתם אך לא שורפים, ויש ספקות שטיהרו חכמים לגמרי. כלל מרכזי בהלכות הספקות הוא החלוקה בין רשות הרבים לרשות היחיד — שמחמירים בספק טומאה ברשות היחיד, ובספק ברשות הרבים מקילים לדונו כטהור. מלבד כלל זה יש כללים נוספים שלפיהם מרחיבים את החשש מטומאה או מצמצמים אותו, על פי טעמים שונים הנוגעים לנסיבות המקרה.

המערכת הסבוכה מאוד של כל הטומאות השונות, נוצרת מכל אלה יחד: מן ההגדרות של אבות הטומאה וולדותיהם מן התורה ומדברי חכמים, מן הגזרות והתקנות של דרגות הטומאה והמעלות בקודש, ובצירוף השיקולים השונים להכרעת הספקות. מערכת מפורטת שכזו מאפשרת להכריע בכל מקרה אם להתייחס אליו כטמא או כטהור.